Nove humanos,raptados de seus lares ao redor do mundo são sujeitos a experimentos cibernéticos nas mãos da maligna organização Fantasma Negro, Um menino órfão acorda em um misterioso laboratório e descobre que possui super poderes e um novo nome: Cyborg 009. Criado pelo comerciante da morte Black Ghost para ser um Cyborg especializado em lutas, Cyborg 009 planeja uma fuga espetacular a fim de se Aliar com a ajuda do Professor Kozumi para usar suas capacidades biônicas recentemente de...
A história tem como personagem principal, Kakeru Satsuki, um rapaz que perdeu o último membro da sua família, a sua irmã mais velha. Satsuki, e a sua amiga de infância Yuka Minase, e mais quatro estudantes da Academia Koryokan, são transportados subitamente para o mundo da "Noite Vermelha", onde uma lua negra reina num céu vermelho. Agora, os seis só podem regressar depois de lutar contra os seis cavaleiros negros.